تلاش‌های او برای تاسیس مدرسه ویژه دختران بعد از چند سال نتیجه داد و در سال ۱۲۸۶ مدرسه دخترانه ناموس افتتاح شد و بعد از مدرسه دوشیزگان بی بی خانم استرآبادی، دومین مدرسه دخترانه ایران لقب گرفت. مدرسه در خیابان شاهپور و نزدیک چهار راه حسن آباد قرار داشت اما طوبی خانم به این اکتفا نکرد و در مدت کوتاهی ۵ مدرسه دیگر هم تاسیس کرد تا جایی که بعد از ۸ سال ۳ هزار و ۴۷۴ دختر در مدارس او تحصیل کردند. مدرسه ناموس یکی از مهم ترین و مجهزترین مدارس متوسطه کامل و کانون پرورش دختران متجدد بود و در سال ۱۳۰۷ شمسی اولین گروه دیپلمه مدرسه ناموس فارغ‌التحصیل شدند.
طوبی آزموده سعی کرد در مدرسه‌اش مسائل مذهبی را هم در نظر بگیرد و به ارزش‌های اسلامی و حساسیت روحانیون درباره رواج فرهنگ غربی در مدارس اهمیت دهد. به همین دلیل این مدرسه در مقایسه با نمونه‌های مشابه موفق تر بود و کمتر کسی با آن مخالفت می‌کرد. ورود آقایان به این مدرسه ممنوع بود مگر معلمان مرد که با دقت بسیاری انتخاب شده و اجازه تدریس پیدا می‌کردند. تدریس قرآن، جزو برنامه‌های اصلی دروس مدرسه بود در مناسبت‌های مذهبی مجالس روضه خوانی نیز برقرار بود.
جالب اینجاست که مردان مشهوری مانند سیدجوادخان سرتیپ، میرزاحسن رشدیه، نصیرالدوله و ادیب الدوله به طوبی آزموده در راه اداره مدرسه‌اش کمک می‌کردند تا جایی که او برای جبران کمک‌ها و هدایت‌های میرزاحسن رشدیه در نظام نامه مدرسه نوشت که برای همیشه و تا هر زمان که مدرسه ناموس پابرجاست، یکی از دختران خاندان رشدیه می تواند در آن تدریس کند. طوبی آزموده در سال ۱۳۱۵ در سن ۶۰ سالگی درگذشت و در آرامستان ظهیرالدوله تهران دفن شد.
