درگذشت غیرمنتظرهٔ سیدمصطفی خمینی در در سحرگاه یکشنبه اول آبان ۱۳۵۶، به مثابه جرقه‌ای تازه در فضای سیاسی و مذهبی ایران قلمداد می‌شد. در مشهد، آیت‌الله خامنه‌ای از نخستین کسانی بود که به‌همراه جمعی از روحانیان مبارز، برای برگزاری مجالس ترحیم و بزرگداشت آقا مصطفی اقدام کرد؛ مجالسی که سوای از رنگ و بوی سوگوارانه‌ای که داشت، در عمل به میدان ابراز همبستگی با امام خمینی و اعتراض به رژیم پهلوی تبدیل شد. تلگرام‌های تسلیت آیت‌الله خامنه‌ای به نجف، که لحنی صریح و سیاسی داشت، حساسیت ساواک را برانگیخت و نام او را دوباره در فهرست روحانیان تحت مراقبت قرار داد. بهانه یکم آبان‌ماه؛ سالروز درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی، متن آن تلگراف تسلیت همراه با گزارش ساواک از آن، منتشر می‌شود.
روایت این فعالیت‌های آیت‌الله خامنه‌ای همزمان با درگذشت سید مصطفی خمینی در ایران را هدایت‌الله بهبودی در صفحات ۵۶۷ تا ۵۷۲ از کتاب «شرح اسم» به رشته تحریر درآورده است:
در سوگ حاج‌آقا مصطفی
درگذشت ناگهانی سیدمصطفی خمینی بود که ایران را تکان داد. در مشهد، مجالس درس حوزه علمیه به مدت دو روز تعطیل شد. نخستین مراسمی که با هماهنگی آقای خامنه‌ای و دوستان همفکرش برپا شد در مسجد ملاهاشم بود. آقای سیدعبدالله شیرازی بانی این مجلس شد. حضور مردم کم‌نظیر بود.
مجلس ترحیم بعدی، به مناسبت هفتمین روز درگذشت سیدمصطفی خمینی، این بار نیز در مسجد ملاهاشم برگزار گردید. شیخ‌علی تهرانی، سخنرانی و «تلویحاً از مصطفی خمینی و خمینی تجلیل کرد و حاضرین صلوات فرستادند.» دهم آبان، مراسم دیگری برای بزرگداشت فرزند امام خمینی در خانه آقای سیدعبدالله شیرازی برپا شد که غیر از روحانیان مبارز، آقایان سیدصادق شریعتمداری، عزالدین زنجانی، سیدمحمد مددی نجفی و سیدکاظم مرعشی نیز حاضر بودند. غیر از اینان حدود یک‌صد تن از طلاب علوم دینی در این مراسم شرکت داشتند.
تلگراف‌های تسلیت
در این بین طلبه‌ها گاه با حضور در خانه آقای واعظ طبسی و گاه با اجتماع در منزل آقای هاشمی‌نژاد، احساسات خود را نسبت به این رخداد بروز می‌دادند؛ و آنچه که رفته‌رفته در حال آشکارشدن بود، تعلقات و تمایلات عمومی به رهبر نهضت اسلامی، امام خمینی بود. تلگرام‌های چشمگیری از مشهد به نجف فرستاده شد که عمدتاً توسط روحانیان بود. آقای خامنه‌ای در هفتم آبان از اداره مخابرات استان خراسان متنی را برای مراد خود فرستاد که سر از ساواک درآورد. […]
انا للّه و انا الیه راجعون. خداوند حکیم دشوارترین محن و بلایا را که بر اولیای خود مقدر فرموده است بر آن قلب واسع نازل فرمود. این نیز یک شباهت دیگر به حسین بن علی علیه‌السلام. اینجانب تأثرات خود را با یاد حلم و صبر و توکل آن روح بزرگ تسلی می‌بخشم و پایداری آن وجود برکت‌خیز را مسئلت می‌کنم. سیدعلی خامنه‌ای.
این تنها تلگرامی نبود که آقای خامنه‌ای به نجف فرستاد. آن روز، سه متن دیگر را از طرف آقایان واعظ طبسی، هاشمی‌نژاد و محامی خطاب به آیت‌الله خمینی مخابره کرد. «وقتی آنها را به متصدی پست دادم، بسیار تعجب کرد و به دوستانش نشان داد. آنان غرق شگفتی شدند. زیرا متن تلگرام‌های تسلیت حاوی جملاتی بود که رژیم را به چالش می‌کشید و با امام خمینی ابراز همدردی عمیق در این مصیبت بزرگ می‌کرد و از او تمجید می‌نمود. کارمند پست گمان می‌کرد وقتی هزینه تلگرام‌ها را به اطلاع من برساند، برای گران‌بودن آنها عقب‌نشینی و از مخابره آنها صرف‌نظر خواهم کرد. اما وقتی اسکناس‌های هزارتومانی را به او دادم، یکه خورد. پرداخت چنان هزینه‌ای در آن روزها برای امثال من بسیار سنگین بود.»
چهلم سیدمصطفی
حوزه علمیه مشهد اطلاعیه‌ای منتشر کرد که خبر می‌داد مراسم چهلم درگذشت سیدمصطفی خمینی در یازدهم آذر/ ۲۰ ذی‌حجه برگزار خواهد شد.
این اطلاعیه توسط طلبه‌ها دست‌نویس و تکثیر شد. […] آنچه مسلم است اجازه برگزاری این مراسم داده نشد، اما طلبه‌های مدرسه نواب اقدام به برگزاری مجلس یادبود کردند که با وساطت آقای خامنه‌ای از درگیری‌های احتمالی میان طلاب و نیروهای شهربانی جلوگیری شد.
تبعیدهای زنجیره‌ای روحانیون
[… یکی از مقامات اداره سوم ساواک] پیشنهاد داد دستگیر شدگان به جای زندان، تبعید شوند. چندین بار این افراد بازداشت شده، ولی دلایل و مدارک کافی جهت تعقیب قانونی در دست نبوده و هم اکنون نیز وجود ندارد. چنانچه تصویب می فرمایید وضعیت آنان در کمیسیون امنیت اجتماعی مطرح شده تبعید شوند.» این اعتراف نشان می دهد که بسیاری از دستگیریها، به ویژه کسانی که سلاحی جز بیان و قلم نداشتند، تا چه اندازه بی بنیاد و صرفا برای نمایاندن هیمنه حکومت و ایجاد ترس در دل مبارزان بوده است؛ مضاف بر این که این بازداشت ها پس از سال ۱۳۵۰ش همراه با شکنجه های سخت و تاب فرسا همراه می شد. پرویز ثابتی، مدیر اداره کل سوم، با پیشنهاد تبعید موافقت کرد و نوشت: «با ذکر سوابق آنها گزارشی عرضی تهیه تا با اخذ تصویب تبعید شوند. […] این گزارش در بیستم آذرماه به تصویب رئیس ساواک رسید؛ یعنی پیش از تشکیل کمیسیون حفظ امنیت اجتماعی در شهرهای مشهد و شیراز، حکم تبعید از تهران صادر شد و ابلاغ گردید. پرویز ثابتی که متوجه این نعل وارونه بود، یک روز بعد، بیست و یکم آذر، از ساواک خراسان خواست که «سریعا با تشکیل کمیسیون حفظ امنیت اجتماعی، ترتیبی اتخاذ گردد که سه نفر روحانی مورد بحث [مشهد] برای سه سال به شهرهای بد آب و هوا تبعید» شوند.
شیخان که سالها برای تبعید آقای خامنه‌ای از مشهد بی‌تابی کرده بود، پس از آگاهی از تصمیم تهران، ساعت ۹ صبح بیست و سوم آذر کمیسیون یاد شده را در محل فرمانداری مشهد تشکیل داد و تصمیمی که باید ابتدا در این نشست گرفته می شد و با ابلاغ به تهران تأیید می‌گردید به شکلی فرمایشی و ظاهری دوباره اتخاذ گردید. آقای خامنه‌ای «مدرس حوزه علمیه» به مدت سه سال به ایرانشهر، شیخ علی تهرانی سه سال به چابهار، و حسین عمادی معروف به شیخ حسین شاهرودی سه سال به سیرجان تبعید شدند.
ساواک ساعاتی پیش از آغاز جلسه کمیسیون حفظ امنیت اجتماعی اقدام به دستگیری آقای خامنه‌ای کرد!