اول خرداد سال ۱۳۴۵ هنگامی که یکی از بنیانگذاران انتشارات سپیده تعدادی از کتاب آینده در قلمرو اسلام را به گاراژ میهن تور مشهد برد تا به تهران بفرستد، بازداشت شد و ساواک از آنجا به کتاب آیتالله خامنهای حساس شد. در نامهای که بهرامی رئیس ساواک خراسان به لشکر ۶ خراسان نوشت ضمن معرفی کتاب آینده در قلمرو اسلام به عنوان کتاب مضره یادآور شد که این کتاب اثر سید قطب و ترجمه سید علی خامنهای است که از روحانیون افراطی مخالف دولت است و مترجم در پاورقیها مطالبی اهانتآمیز نسبت به مقام شامخ سلطنت و طرفداری از مخالفین حکومت بیان داشته است. اما او تابستان، پاییز و زمستان آن سال توانست از تعقیب ساواک جان بهدر برد. فرار از دست ساواک و زندگی پنهانی در تهران موجب رخوت سیاسی آیتالله خامنهای نشد و در تهران و کرج جلسات سخنرانی داشت. سرانجام فروردین ۱۳۴۶ ساواک توانست او را بازداشت کند. در سومین دورهی زندان و در حالی که به دلیل ترجمه یکی از آثار سید قطب در حال محاکمه بود، برگردان کتاب «الاسلام و مشکلات الحضاره» سید قطب را در زندان شروع کرد؛که البته یکنواختی ماندگاری در چاردیواری زندان، تکرار تنهایی و حوصله تنگ نگذاشت بیش از سه چهارم کتاب را ترجمه کند.
روایت این موضوع در صفحات ۲۷۰ تا ۲۸۰ از کتاب «شرح اسم» به رشته تحریر درآمده است. کتابی که در تابستان ۹۱ توسط موسسه مطالعات و پژوهشهای سیاسی به قلم هدایتالله بهبودی منتشر شده است و خواندن آن خالی از لطف نیست:
آقای خامنهای توانست پس از پیگیریهای فراوان دفتر دستکهای موردنیاز خود را از طریق خانواده دریافت دارد. در آن بین کتاب الاسلام و مشکلات الحضاره نیز بود. این کتاب هم یکی از تألیفات سید قطب بود. او در حالی که به دلیل ترجمه یکی از آثار همین نویسنده در حال محاکمه بود، برگردان این کتاب را در زندان آغاز کرد.
گمان میکرد میتواند از تنهایی و خلوت زندان بهره گیرد و آن را به انجام برساند. اما پس از گذشت هفتهای با دههای از کار بازماند. قلمش به فرمان نبود. یکنواختی ماندگاری در چاردیواری زندان، تکرار تنهایی و حوصله تنگ نگذاشت بیش از سه چهارم کتاب را ترجمه کند.
سال ۱۳۴۹ که برگردان آن با کمک سیدهادی خامنهای به پایان رسید در مقدمه کتاب از این روزها یاد کرد و در لفافه چنین نوشت: «در بهار سال ۴۶ با استفاده از بی کاری دوران یک سفر چند ماهه، ترجمه این کتاب را شروع کردم؛ بدین امید که از خلوت این انزوای جانگزا، اصحاب را هدیتی برده باشم. ولیکن پس از هفته ای چند از آغاز این کار، به تجربه دانسته شد که کیمیای خلوت و تنهایی نیز آب حیوانی است که چون از سر گذشت خاصیت مطلوب خود را به ایجاد خفگی مبدل میسازد. یکنواختی ساعات و لحظات و روزها و هفتهها و ماهها و تکراری شدن چشم اندازهایی که از چهار سو بیش از دو متر فاصله نمیداشتند حوصله و نشاط ادامه این کار را سلب کرد و بیش از سه چهارم کتاب آن هم بدون تجدیدنظر و مقابله ترجمه نشد و حتی پس از این که آن ماهها نیز مانند همه چیز پایان یافت و دوباره زندگی معمولی به جریان افتاد متن کتاب و ترجمههای من از زاویه فراموشی بیرون نیامد.»
