جعفرقلی اسعد بیش از چهارماه در زندان به سر برد تا اینکه در روز دهم فروردین ۱۳۱۳ جسد وی را تحویل بازماندگان دادند. عباس اسکندری در کتاب «محکمه عالی اختصاصی» درباره سردار اسعد می‌نویسد: «مدعی‌العموم برای توقیف و قتل او، ره به جایی نبرد؛ اما دوستی سردار اسعد با تیمورتاش و تلاش برای نجات جان وزیر دربار، مخالفت روسای بختیاری با دولت مرکزی یا داشتن سهام نفت جنوب از زمره اتهامات آشکار و پنهان وی به حساب می‌آمد. در اوایل فروردین ۱۳۱۳ با خوراندن غذای مسموم، قصد داشتند که به نحوی او را به هلاکت برسانند، اما موفق نشدند…او را شکنجه‌ها دادند تا بالاخره با تزریق سرنگ، به‌طور وحشتناکی، جانش را گرفتند.» همزمان با مرگ اسعد، عده‌‌ای از سران عشایر و ایلات بختیاری در جنوب به حکم دادگاه نظامی در زندان قصر به چوبه دار سپرده شدند و عده زیادی نیز به حبس‌‌های طویل‌‌المدت محکوم شدند که تنی چند از آنان در زندان درگذشتند. از جمله منوچهر و محمدتقی اسعد برادران تنی جعفرقلی، به حبس محکوم شدند و خانبابا اسعد برادر دیگرش در زندان تلف شد.
